益生菌種類繁多，可分為細菌及酵母菌兩大類，而細菌類有17個屬別200多個菌種，最常見且具備最多科學實證的就是乳酸桿菌屬(Lactobacilli)及雙歧桿菌屬(Bifidobacterium)為最主要的菌屬，其他還有鏈球菌屬(Streptococcus)、乳酸球菌屬(Lactococcus)、芽孢桿菌屬(Bacillus) 等益生菌產品。

以下是您所不知道的事：
腸球菌   Enterococcus

International Probiotics Association 和世界衛生組織（WHO）均建議：益生菌中不宜使用腸球菌！在國外腸球菌都是給動物吃的，但是國內卻有許多業者為了菌數及成本考量而或不夠專業竟然加入產品給人們食用（因為台灣法規並無限制），請大家睜大眼睛看仔細，市售的腸球菌產品真的很多很多!!
腸球菌不應該當作人類食用的益生菌，主要因為腸球菌極易形成耐藥性也就是產生高度抗藥性也可能從其他有抗藥性的腸球菌獲得抗藥性，並且還會轉移抗藥性基因給其他微生物並讓它們使人生病。

芽孢菌   Bacillus

關於芽孢菌：所有生產乳酸桿菌、球菌類的發酵廠，最怕芽孢菌，因為芽孢菌很容易生長，不容易清潔，常常造成汙染，所以“芽孢菌”對於注重品質的廠家，是連大門都不給進入的。生產芽孢菌的廠區，很難再進行乳酸桿菌的製造，因為除了汙染問題外，生產硬體與技術門檻，都是不同等級的。

芽孢菌  Bacillus、腸球菌  Enterococcus、乳酸桿菌  Lactobacillus

芽孢菌、腸球菌、乳酸桿菌的生產技術要求無法相比，成本價格當然也相差十萬八千里，大陸與印度更有幾間專門生產芽孢菌的大廠，原料的供應價格更是低的讓你無法置信。
搜尋世界上所有醫學及科學論文，乳酸桿菌與芽孢菌所發表的文獻比例大約是50：1。

國內擁有高水準乳酸桿菌的製程技術廠家不出三家，近年由於大陸市場爭相購買所以瓜分產能，菌粉原料價格只漲不降，相較之下採用進口菌粉﹙歐美、韓國、印度…﹚反而有利可圖。同一個菌屬但因菌種、菌株的不同，製造成本也會相差到倍數以上，因為相同的發酵槽體，運作相同的時間，所能產出的總菌數可以相差到數倍甚至數十倍，所以價格當然也差很大。總歸來說益生菌涵蓋了乳酸桿菌、球菌、芽孢菌，就好比汽車、機車、腳踏車都是交通工具，而菌種菌株就像是廠牌、配備的差別，千萬別花了買汽車的錢卻收到一台腳踏車，甚至是事故車、泡水車。